La Juventud Idente de España tiene, desde el año 2009 la forma jurídica de Fundación. Además del Patronato de la Fundación, formado por dirigentes de la organización a nivel internacional, la Juventud Idente de España cuenta con un órgano de gobierno, la Oficina Nacional, compuesto por jóvenes que organizan, coordinan e impulsan las actividades desarrolladas en el territorio español.

A nivel local la Juventud Idente lleva a cabo sus actividades a través de Secciones de la Fundación. Una vez al año los voluntarios de la entidad con mayores responsabilidades a nivel local y nacional se reúnen en la Asamblea Anual donde se evalúan las acciones del año y se planifican las del curso siguiente.